Neue computergestützte Methoden in der Wildtier-Forschung
Viele unserer Forschungsprojekte erfordern neue Programme zur Verarbeitung und Auswertung der gewonnenen Daten. Diese Analyse-Werkzeuge entwickeln wir entweder selbst oder in Kooperationen und stellen sie auch Dritten zur Verfügung.
Laufzeit: | seit 09/2016 |
Drittmittelfinanziert: | nein |
Beteiligte Abteilung(en): | Abt. Evolutionsgenetik |
Projektleitung im Leibniz-IZW: | Alexandre Courtiol (Abt. Evolutionsgenetik) |
Projektbeteiligte im Leibniz-IZW: | Liam Bailey, Colin Vullioud (alle: Abt. Evolutionsgenetik) |
Konsortialpartner: | - |
Aktuelle Förderorganisation: | - |
Forschungsschwerpunkte: | Entwicklung neuer Theorien, Methoden und Werkzeuge |
Auswahl bereits etablierter Methoden und Tools:
- camtrapR (https://cran.r-project.org/web/packages/camtrapR/index.html): ein Toolkit für die Verwaltung und Datenextraktion von Kamerafallenfotos in Wildtierstudien
- IsoriX (https://cran.r-project.org/web/packages/IsoriX/index.html): ein Toolkit zum Aufbau von Isolandschaften unter Verwendung gemischter Modelle und zur Ableitung des geografischen Ursprungs von Organismen auf der Grundlage ihrer Isotopenverhältnisse.
- spaMM (https://cran.r-project.org/web/packages/spaMM/index.html): ein Toolkit zur effizienten Anpassung linearer Modelle unterschiedlicher Komplexität, einschließlich gemischter Modelle mit räumlicher Autokorrelation.
- Torpor (https://github.com/vullioud/torpor): ein Toolkit zur Anpassung von Thermoregulationskurven bei heterothermen endothermen Tieren, wobei Messungen der Stoffwechselrate entweder dem Torpor- oder dem Euthermiezustand zugeordnet werden.
- timevarcorr (https://cran.r-project.org/web/packages/timevarcorr/index.html): ein Toolkit zur Berechnung, wie sich die Korrelation zwischen 2 Zeitreihen über die Zeit verändert.
2021: Vortrag "Using "R6 object-oriented programming to build agent-based models"
Ausgewählte Publikationen
Courtiol A, Rousset F, Rohwäder M-S, Soto DX, Lehnert LS, Voigt CC, Hobson KA, Wassenaar LI, Kramer-Schadt S (2019): Isoscape computation and inference of spatial origins with mixed models using the R package IsoriX. Tracking Animal Migration with Stable Isotopes (Eds. Hobson K & Wassenaar LI, Academic Press), Chapter 9, 207-236. doi:10.1016/B978-0-12-814723-8.00009-X.
Fasel N, Vullioud C, Genoud M (2022): Assigning metabolic rate measurements to torpor and euthermy in heterothermic endotherms: "torpor", a new package for R. BIOL OPEN 11, bio059064. doi:10.1242/bio.059064.
Rousset F, Gouy A, Martinez-Almoyna C, Courtiol A (2017): The summary likelihood method and its implementation in the Infusion package. MOL ECOL RESOUR 17, 110-119. doi:10.1111/1755-0998.12627.
Niedballa J, Sollmann R, Courtiol A, Wilting A (2016): camtrapR: An R package for efficient camera trap data management. METHODS ECOL EVOL 7, 1457-1462. doi:10.1111/2041-210X.12600.